Bayes, toujours d’actualité.

« Deep down, we’re all Bayesians, except sometimes when making mistakes ».


Il y a des éditos qui sont plus intéressants que les articles qu’ils décortiquent, et le « How Would the Reverend Bayes Interpret High-Sensitivity Troponin? » du Circulation de cette semaine fait partie à mon avis de ceux-là.

L’article de Januzzi s’intéresse à la valeur diagnostique de la troponine ultra-sensible (hs-TnT) dans le diagnostic des syndromes coronariens aigus (SCA).

Les auteurs comparent notamment cette hs-TnT avec la troponine conventionelle (c-TnT).

La hs-TnT gagne en sensibilité (62% contre 35%) au prix d’une perte de spécificité (89% contre 99%).

Cela a permis de dépister 11 SCA supplémentaires parmi les 37 de l’étude, au prix de 35 faux positifs parmi les 340 patients n’ayant in fine pas de SCA.

Toutefois, une partie de ces « faux » SCA étaient de vrais cardiaques, c’est à dire ayant une altération structurelle non coronaire, mais qui a toutefois été dépistée pas la hs-TnT.

Les auteurs de l’éditorial s’interrogent sur la performance finale du test, quand celui sera pratiqué dans des situations où les patients seront à bas risque.

On en revient toujours au théorème de Bayes, c’est à dire que la probabilité post test est dépendante de la probabilité pré test.

« Thus, even very high values of troponin do not establish a diagnosis of ACS with confidence if the pretest probability is low. Conversely, very low values do not reliably exclude the diagnosis of ACS if pretest probability is high. From a Bayesian perspective, therefore, troponins are no different from any other imperfect diagnostic test, and even putative « high-sensitivity » assays must obey the mathematical laws of probability. »



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How Would the Reverend Bayes Interpret High-Sensitivity Troponin? George A. Diamond and Sanjay Kaul. Circulation. 2010;121:1172-1175; published online before print March 1 2010, doi:10.1161/CIR.0b013e3181d839e8


High-Sensitivity Troponin T Concentrations in Acute Chest Pain Patients Evaluated With Cardiac Computed Tomography. James L. Januzzi, Jr, Fabian Bamberg, Hang Lee, Quynh A. Truong, John H. Nichols, Mahir Karakas, Asim A. Mohammed, Christopher L. Schlett, John T. Nagurney, Udo Hoffmann, and Wolfgang Koenig. Circulation. 2010;121:1227-1234; published online before print March 1 2010, doi:10.1161/CIRCULATIONAHA.109.893826

Les génériques, c’est pas automatique

Le Canard Enchaîné du jour est assez excellent.

C’est vrai aussi que l’affaire du « Prince Jean » a beaucoup inspiré les dessinateurs et les fines plumes du journal.

(La caricature en une sur l’ascenseur social et celle de la page 3 sur le député UMP qui se confie au époux Balkany sont très bonnes)

Mais ce sont deux articles sur deux sujets très différents qui ont attiré mon attention.

Le premier, « Stats suffit« , en première page, se moque des circonvolutions sémantiques cache-misère d’un communiqué du Ministère de l’Intérieur sur les chiffres de la délinquance du mois de Septembre 2009.

Comme c’est un chef-d’œuvre, voici l’intégralité du fameux communiqué:

« Chiffres de la délinquance du mois de septembre 2009
Mis à jour le : 13/10/2009 17:08
Les chiffres communiqués par l’Observatoire national de la délinquance pour le mois de septembre 2009 démontrent que, si la délinquance avait légèrement augmenté depuis le mois de mars, cette tendance a été globalement cassée en septembre, qu’il s’agisse de la délinquance générale [+0,35% en septembre] ou de la délinquance de proximité [-0,07% en septembre].

Plusieurs évolutions positives doivent être notées :

  • le nombre de cambriolages augmente de manière sensiblement moindre en septembre [+5%] qu’en août [+7,55%] ;

  • le taux d’élucidation est globalement stabilisé : il s’établit à 37,35% au mois de septembre ;

  • la diminution de -5,52% des faits de criminalité organisée, au mois de septembre 2009 ;

  • le recul de -2,35% des infractions économiques et financières et escroqueries, sur le dernier mois ;

  • la diminution des vols d’automobiles de -0,41% au mois de septembre ;

  • un ralentissement de la tendance à la hausse des atteintes volontaires à l’intégrité physique : si celles-ci augmentaient de +4,8% sur 12 mois en août 2009, ce taux a diminué, en un mois, de 0,7 point.

Brice HORTEFEUX a pris acte de cette stabilisation globale de la délinquance et des différentes évolutions enregistrées en septembre.

Cette stabilisation rompt avec l’augmentation générale constatée depuis mars 2009.

A l’occasion des réunions de travail organisées place Beauvau comme lors de ses déplacements sur le terrain, le ministre de l’intérieur a rappelé aux préfets, aux fonctionnaires de la police nationale et aux militaires de la gendarmerie nationale l’objectif commun d’une baisse de la délinquance au cours du dernier trimestre 2009 par rapport à la même période de 2008. »

On dirait presque la conclusion d’une étude négative financée par l’industrie pharmaceutique.

Le second, intitulé sobrement « Les ruses des labos pour piller la Sécu » résume entre autres et en quelques lignes un rapport de la Communauté Européenne daté du 08/07/09 qui s’est intéressé justement aux manœuvres des firmes pharmaceutique pour torpiller le développement de l’industrie du générique.

J’ai parcouru rapidement le résumé de 33 pages du rapport final qui en fait 533.

Rien de bien nouveau sous le soleil (notamment dénigrement des génériques, et vente à prix cassés aux pharmacies des hôpitaux ou des cliniques), mais une mine de faits pour ceux qui sont intéressés par le sujet.

J’ai retenu le paragraphe suivant qui fait écho à une ancienne note sur un article de PLoS:

« Pendant la période 2000-2007, les laboratoires de princeps ont consacré à des activités de R&D menées à l’échelle mondiale en moyenne 17 % du chiffre d’affaires qu’ils ont réalisé avec les médicaments vendus sur ordonnance (environ 1,5 % consacré à de la recherche fondamentale destinée à découvrir de nouveaux médicaments potentiels et 15,5 % consacrés au développement, à l’aide d’essais, des médicaments potentiels identifiés pour en faire des produits suffisamment sûrs et efficaces pour être commercialisés). Pendant cette période, leurs dépenses en opérations de vente et de promotion se sont élevées à 23 % de leur chiffre d’affaires. En 2007, les coûts de fabrication ont représenté 21 % du chiffre d’affaires total des laboratoires de princeps. Ces laboratoires sont tributaires, dans une large mesure, de l’achat de composés auprès de tiers. En 2007, 35 % environ des molécules des laboratoires de princeps qui étaient en attente d’une autorisation de mise sur le marché avaient été achetées ou produites sous licence. Certains de ces tiers sont des petites ou moyennes entreprises, présentes dans le secteur de la biotechnologie par exemple. En 2007, le plus gros poste de dépenses pour les fabricants de génériques était la fabrication (51 %), suivie de la commercialisation (13 %) et des activités de R&D (7 %), ce qui montre bien qu’ils ont une structure de coûts différente. »

Au moins, là, les choses sont claires, l’industrie dépense plus (et pas mal plus) pour vendre ses produits que pour en chercher de nouveaux.

Juste en dessous, un article sur le Secteur Optionnel, mais comme je n’ai pas suivi l’histoire, je n’ai pas d’avis dessus.

Deux petites notions sur les études cliniques

Je suis tombé sur deux notes qui apportent un éclairage intéressant  sur les études cliniques.

La première note, tirée du WSJ Health Blog raconte que des firmes pharmaceutiques  se sont alliées pour mener conjointement une étude sur la durée du traitement par leurs antiagrégants plaquettaires pourtant concurrents (clopidogrel et prasugrel) après un syndrome coronarien aigu.

La question à laquelle répondra cette étude, appelée DAPT est « 12 mois ou 30 mois de bithérapie? ». Par bithérapie, on entend clopidogrel + aspirine ou prasugrel + aspirine.

Personnellement, j’espère que le vainqueur sera « 12 mois »…

Mais ce qui a retenu mon attention est le coût prévu de cette étude qui devrait inclure 20000 patients: 100 millions de dollars!

J’imaginais des coûts de quelques millions de dollars, moins d’une dizaine, mais 100! C’est vrai aussi que l’étude est énorme, mais j’en aurais sous-estimé le coût si on m’avait demandé de faire une estimation.

Autre information dans un autre blog, l’excellent « In the Pipeline » de Derek Lowe.

Une équipe italienne a comparé les effets secondaires des placebos de 69 études portant sur trois familles de traitement antimigraineux, les AINS, les triptans et les antiépileptiques.

Les auteurs ont constaté que les placebos avaient grosso modo les mêmes effets secondaires que les molécules pour lesquelles ils servaient de comparateur. Par ailleurs, les placebos des antiépileptiques semblent induire plus d’effets secondaires et plus d’arrêts prématurés de traitement que pour les deux autre groupes de placebo.

Au début de l’essai, le médecin investigateur explique à son patient quels effets secondaires risquent de survenir. Donc bien évidemment, on peut s’attendre à ce soient ces effets qui surviennent dans le groupe placebo. Et on peut aussi s’attendre à ce qu’un investigateur soit rendu plus inquiet par l’utilisation d’antiépileptiques que pour les AINS ou les tryptans.

Logique, en fait, plutôt humain, et fascinant.

Tu as une remarque, Yann ? 😉

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Strange Bedfellows: Rival Medical Firms Launch Joint Stent Study. By Ron Winslow. The WSJ’s Health Blog. Published October 2, 2009.

Placebos Can Work the Other Way, Too. By Derek Lowe. In The Pipeline. Published October 2, 2009.

Spin Doctor

J’ai trouvé un article très intéressant dans theheart.org et un complément dans le BMJ au sujet des résultats préliminaires d’une étude menée notamment par une biostatisticienne française, le Dr Isabelle Boutron.

L’équipe s’est penchée sur la façon qu’ont les auteurs d’articles scientifiques médicaux de présenter leurs résultats en étudiant 72 essais randomisés négatifs, indexés dans PubMed en décembre 2006.

Malgré la négativité de ces essais, les auteurs ont mis en évidence un « spin » que je traduirais par l’expression « effet de manche » dans une bonne partie de ces papiers.

L' »effet de manche » est le fait de présenter et discuter les résultats de façon à convaincre le lecteur qu’un traitement expérimental est bénéfique, malgré une différence statistiquement non significative au niveau du critère principal de l’étude.

On retrouve un effet de manche dans le titre de l’article dans 18% des cas, 20% dans les résultats, 43% dans la discussion, 50% dans la conclusion. dans plus de 40% des cas, il y a un effet de manche dans au moins 2 des 3 sections du texte de l’article.

Pour les « abstracts », il semble que cela soit pire qualitativement.

J’ai hâte de lire la publication complète de cet article, j’ai donc créé un flux RSS sur le nom d’auteur « Isabelle Boutron » dans PubMed. Comme je suis gentil, vous pouvez le récupérer ici.

Bien entendu, le marketing fait des miracles ensuite pour positiver une étude négative.

L’exemple type de ce double effet de manche me semble être BEAUTIFUL avec l’ivabradine, dont j’ai déjà parlé à plusieurs reprises (ici, ici, ici, ici, ici, et ici -ouf!-).

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Shelley Wood. Spin not uncommon in negative RCTs, study shows. theheart.org. [Clinical Conditions > Clinical cardiology > Clinical cardiology]; Sep 14, 2009. Accessed at http://www.theheart.org/article/1002389.do on Sep 21, 2009

Mabel Chew. Researchers, like politicians, use « spin » in presenting their results, conference hears. BMJ 2009;339:b3779