Je me suis dit que vous seriez intéressés de connaître quelques prochains MOOC dédiés aux statistiques ou à la méthodologie des essais cliniques (à ce jour):
Ces MOOC donnent droit à une attestation ou un certificat qui ne vaut (encore)… rien ou pas grand chose sur un CV. Il reste néanmoins le plaisir solitaire d’avoir passé la formation et de pouvoir s’imprimer un certificat avec son patronyme en dessous du nom d’une grande école. Il faut bien dire que c’est un des inconvénients des MOOC.
Suivre l’enseignement de ces grandes écoles américaines ne coûte rien. Les certificats de Harvard, Stanford, Princeton ou de John Hopkins sont gratuits.
Le certificat du MOOC de Berkeley est payant, car l’identité de l’étudiant est censée être vérifiée:
C’est un moyen détourné de rendre payants les MOOC, ce qui ne me choque pas, sous réserve que la valeur de ces certificats soit mieux définie… Mais cela est une autre histoire, un autre débat…
25$US, ça fait 18.44€
Maintenant, j’ai l’immense honneur de vous présenter ce qui semble être le premier MOOC français sur les statistiques appliquées:
Chose très intéressante, ce MOOC peut être converti en un DIU qui a donc une valeur quantifiable sur un CV (français), après inscription à l’Université de Lorraine et passage d’un examen à Nancy ou Nice. L’inscription pour le DIU est d’environ 300€.
Mais ce n’est pas là que le génie français s’exprime dans sa totalité.
L’obtention d’un simple certificat, pour celui qui aurait suivi le MOOC sans vouloir passer le DIU, est aussi payante:
100€, sinon rien ne prouve qu’on ait suivi l’enseignement!
100€ pour un certificat dont la valeur me paraît encore à définir.
Mettons ces 100€ en perspective, pour bien comprendre!
Un certificat qui atteste que l’on a suivi un MOOC de Harvard, Stanford, Princeton ou John Hopkins, c’est gratuit pour l’instant. Pour Berkeley, c’est 18.44€.
Si vous voulez crâner avec un certificat de la mondialement célèbre Université de Lorraine, c’est 100€.
L’Université de Lorraine (Lorraine University) valorise donc elle-même son certificat au minimum à… environ 5.4 fois celui de Berkeley.
Ce n’est pas merveilleusement tellement français, ça?
Il existe des places réservées aux titulaires du Prix Nobel travaillant à Berkeley (source).
Les cours sont donc plutôt sympas et sont un bon rappel des bases des statistiques.
Par contre, les TP sur R me font blanchir les cheveux…
Et ce que d’autant plus que les quiz hebdomadaires portent essentiellement sur l’utilisation de R.
Pour commencer, R est un logiciel libre de statistiques, en open source.
Cela signifie que R est en perpétuelle évolution, ça c’est bien, mais aussi que l’interface utilisateur est le cadet des soucis de ses développeurs. Donc contrairement à SPSS ou Excel, utiliser R se mérite, vraiment.
Vraiment.
Les TP du MOOC de Kristin Sainani faisaient manier Deducer, qui est une interface utilisateur de R bien plus intuitive que ce dernier. C’était sympa.
Mais à Princeton, on aime le Hardcore, et les lignes de code.
Copie d’écran à 60 secondes du premier TP sur R… Help!
Les TP me semblent totalement inadaptés à ceux, qui comme moi, ont bidouillé des stats sur Excel ou SPSS pour une thèse ou pour s’amuser.
Mais heureusement, j’ai des amis sur Twitter, béni soit son nom, qui m’ont fait découvrir des tas de ressources utiles:
Merci à @gabriel440 m’a fait connaître RStudio, qui est une interface moins aride que R, et sur laquelle j’ai bien pris mes marques.
L’essai SAVOR-TIMI 53 a été présenté récemment au congrès de l’ESC et publié ici dans le NEJM (accès libre, pour l’instant).
Cet essai sur 16492 patients diabétiques de type 2 suivis durant une médiane de 2.1 ans (2.9 ans au maximum) montre que la saxagliptine (Onglyza®) n’améliore pas le nombre d’évènements cardio-vasculaires (mortalité cardio-vasculaire, infarctus du myocarde et AVC ischémique) par rapport au placebo:
A primary end-point event occurred in 613 patients in the saxagliptin group and in 609 patients in the placebo group (7.3% and 7.2%, respectively, according to 2-year Kaplan–Meier estimates; hazard ratio with saxagliptin, 1.00; 95% confidence interval [CI], 0.89 to 1.12; P=0.99 for superiority; P<0.001 for noninferiority); the results were similar in the “on-treatment” analysis (hazard ratio, 1.03; 95% CI, 0.91 to 1.17).
Les commentaires sont assez variables:
« Face aux résultats de SAVOR-TIMI, les endocrinologues sont très enthousiastes mais les cardiologues sont déçus de l’absence de bénéfice cardiovasculaire qui avait été suggéré par les études de phase 2 et 3 et inquiets du signal sur l’insuffisance cardiaque », a commenté l’auteur principal de l’étude, le Pr Deepak L Bhatt (Service de cardiologie, Brigham and Women’s hospital, Harvard Medical school, VA Boston Healthcare System, Boston, Etats-Unis). Autre bonne nouvelle pour les gliptines : l’essai EXAMINE , présenté au cours de la même session de l’ESC, a lui aussi montré l’absence de sur-risque cardiovasculaire de l’alogliptine (Nesina®, Furiex/Takeda) chez des patients ayant souffert d’un SCA récent. (source)
Je comprends que les cardios fassent la gueule, pas la moindre inflexion de morbi-mortalité cardiovasculaire sur près de 16000 patients suivis pendant 2 ans… Mais si les endocrinos sont contents, tout va bien.
Et les patients?
Et la sécu?
On ne sait pas vraiment au bout de combien de temps la saxagliptine fait mieux que le placebo. Il faudrait faire des études pour le savoir (gloussement ironique). Malgré les 44.69€*12*2.1= 1126.19€ de médocs avalés par patient, on ne distingue pas la moindre amélioration par rapport à un placebo.
Je suis même persuadé que cette étude va être présentée comme un succès par la visite médicale, voyez comme notre produit est sûr!
Ce communiqué de presse annonce des lendemains radieux:
AstraZeneca (NYSE: AZN) and Bristol-Myers Squibb Company (NYSE: BMY) today announced the full results of the SAVOR clinical trial in 16,492 adult patients with type 2 diabetes at high risk for cardiovascular events. In this study, Onglyza® (saxagliptin) met the primary safety objective, demonstrating no increased risk for the primary composite endpoint of cardiovascular death, non-fatal myocardial infarction (MI) or non-fatal ischemic stroke, when added to a patient’s current standard of care (with or without other anti-diabetic therapies), as compared to placebo. Onglyza did not meet the primary efficacy endpoint of superiority to placebo for the same composite endpoint. Patients treated with Onglyza experienced improved glycemic control and reduced development and progression of microalbuminuria over two years as assessed in exploratory analyses. (source)
Une chose me chiffonne presque encore plus.
Cet essai est un essai de non-infériorité.
Le texte du NEJM laisse planer le doute:
The trial was designed as a superiority trial, with a closed testing hierarchy to preserve the alpha level that prespecified that a test for noninferiority with respect to the primary composite end point should be performed first and a test for superiority performed thereafter.
Mais le protocole (page 24) est bien plus explicite:
The primary analysis will be performed in a step-wise fashion to control for type I error and will first evaluate safety of saxagliptin with a non-interiority analysis, and then test for the superiority of saxagliptin versus placebo.
Vous ne trouvez pas ça énorme de faire un essai de non-infériorité avec un placebo comme traitement de référence?
La borne a été fixée à 1.30 (sans aucune explication).
Jusqu’à 30% de sur-risque cardiovasculaire en plus (par rapport à un placebo), la saxagliptine est jugée non-inférieure. Le moins que l’on puisse dire est que les investigateurs avaient donné d’emblée un avantage statistique conséquent à la saxagliptine.
Mais un des présupposés de départ de ce type d’analyse est que le traitement de référence soit effectivement une référence, et qu’il soit administré de façon optimale.
Or là, sauf erreur, un placebo n’est pas tout à fait un traitement de référence du diabète.
Dans un prochain essai, les laboratoires qui commercialisent la saxagliptine vont comparer l’efficacité de cette dernière chez 20000 patients diabétiques de type 2 sur des critères de morbi-mortalité cardio-vasculaire. Cet essai sera une étude de non infériorité contre un autre traitement de référence du diabète: les caramels au beurre salé à la posologie de 2/jour.
Grange Blanche 