Autopsie du retour d’un mort-vivant, la dénervation rénale.

J’espère que le grand Larry Husten me pardonnera, mais je lui ai encore piqué l’idée d’une note, et cette fois en plus, son pitch. Pour ceux qui ne le connaissent pas, Larry Husten est un journaliste médical que j’admire depuis des années.

Il écrit des analyses décapantes sur le monde de l’industrie pharmaceutique pour forbes.com.

Dans cette note, il s’intéresse au programme du congrès Euro PCR 2014 qui vient juste de se terminer à Paris. Euro PCR est le grand rassemblement européen de la cardiologie interventionnelle. Cette année, on y a beaucoup parlé de… dénervation rénale.

Cette technique invasive a comme indication le traitement de l’hypertension artérielle résistante, selon des critères bien spécifiques.

Après des premiers essais sans bras placebo plutôt encourageants, les espoirs de tout le monde ont été douchés le 10 avril dernier par SYMPLICITY HTN-3, étude qui compare la dénervation avec une procédure placebo. La conclusion de ce travail est sans ambiguïté:

This blinded trial did not show a significant reduction of systolic blood pressure in patients with resistant hypertension 6 months after renal-artery denervation as compared with a sham control.

J’avais parlé de toute cette histoire ici (et plus largement ici).

Larry Husten a été très surpris qu’Euro PCR 2014 et ses partenaires commerciaux mettent lourdement en avant une technique qui apparemment n’est pas efficace dans un vaste essai d’excellente qualité méthodologique.

En fait, j’ai quand même trouvé une session qui parlait de SYMPLICITY HTN-3:

Euro PCR dénervationCe symposium est fascinant avant même d’en lire le contenu puisqu’il est financé par Medtronic, qui commercialise le dispositif de dénervation qui a échoué dans SYMPLICITY HTN-3.

Comment promouvoir son produit en se basant sur une étude qui montre qu’il ne marche pas?

Vous allez voir, c’est presque aussi grand que du Servier.

L’ensemble des diapos de la session est visible ici.

On va regarder certaines un peu plus en détails, car ce sont des diapos de conclusion:

slide016La dénervation rénale est sûre, c’est démontré. Ah oui, au fait, mais c’est pas la peine de le retenir, elle est inefficace.

SYMPLICITY HTN-3 démontre qu’avoir un bras placebo dans une étude, c’est bien. Retenez bien ça, c’est le message essentiel!

Enfin, on va faire des études supplémentaires pour confirmer les résultats positifs montrés par les études précédentes.

[J’exagère à peine, vous ne trouvez pas?]

slide012Nous touchons du doigt un grand axiome des statistiques appliquées au marketing: il existe toujours un sous-groupe où un traitement marche, si il ne marche pas dans la population générale.

Ici, il n’y en a pas, mais certains entrevoient la possibilité d’une éventualité que ça marche chez les patients sous anti-aldostérone. Ah oui, et puis l’étude a capoté à cause des vasodilatateurs, pas à cause de la technique.

slide016bisDans le registre, ça marche, on peut donc oublier SYMPLICITY HTN-3.

Autre grand classique des statistiques appliquées au marketing, le scotome (ou l’anosognosie).

Les deux dernières diapos sont tirées de la présentation take-home message, la quintessence de ce qu’il faut retenir de la session:

slide008

slide009La première rappelle que la dénervation rénale a sa place dans les dernières recommandations ESC. Donc il faut continuer à en faire.

[La diapo ne le précise pas, mais ça doit être un oubli: ces recos ont été publiées avant l’essai qui n’a jamais existé, SYMPLICITY HTN-3]

La dernière diapo est juste grandiose et se passe de commentaire narquois, je ne peux pas faire plus caricatural que ce qui est écrit.

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kaahypn2Ayez confiance dans l’industrie pharmaceutique, nos partenaires, nos amis qui nous veulent du bien au quotidien.

 


Rencontre avec les pharmaciens d’officine.

J’ai été invité aux septièmes rencontres de l’officine pour parler de l’interprofessionnalité, c’est à dire de la relation médecin/pharmacien.

Cette invitation est une lointaine conséquence de  la loi permettant aux pharmaciens de réaliser un entretien pharmaceutique dédié aux AVK, loi qui a mis certains confrères dans une rage noire. J’avais alors écrit ce billet, en m’étonnant des interprétations fantaisistes que certains syndicats de médecins faisaient d’un texte somme toute assez simple à lire et à comprendre. Je m´étais même demandé à un moment si il n’y avait pas un tout petit peu de mauvaise foi dans les réactions indignées des syndicats. (On me souffle dans l’oreillette que oui).

Je me suis donc retrouvé sur une estrade entre un conseiller ordinal et le responsable d’un syndicat de pharmaciens ruraux, tous deux très sympathiques.

La suite de la table ronde m’a fait regretter le temps béni où les lois de la Sainte Église régissaient notre existence.

On m’a demandé ce que je pensais de l’interprofessionnalité. Je suis pour, comme je suis contre la guerre et pour que tous les enfants du monde aient à manger dans leurs écuelles.

J’ai aussi tristement constaté que je ne connaissais ni d’Adam ni d’Ève le (les?) pharmacien(s) autour de mon cabinet.

De toute évidence, tout le monde est pour que le médecin et le pharmacien se parlent. Sauf que tout le monde attend que l’ARS finance cela. En dehors d’un Machin (au sens gaullien) financé par l’ARS, point de dialogue possible.

Petit aparté, Les caisses nous ont donné de bien mauvaises habitudes en nous faisant l’aumône pour faire correctement notre boulot. Je dis aumône, non pas pour stigmatiser la faiblesse de la somme, certains confrères augmentant singulièrement leurs revenus, mais pour l’état de servitude que cela implique.

Récemment, la CPAM m’a donné des sous (90€) parce que je soignais des personnes âgées (quel exploit!). Je reçois aussi des sous car je maintiens des coronariens sous statines (toujours plus fort) et que je leur arrête le clopidogrel après 12 mois (cosmique). J’attends avec impatience les 37.52€ de prime d’exactitude, promis si le praticien arrive moins de 3 fois en retard au cabinet sur une période de 12 mois calendaires, ou la prime de 12,34€ de lavage de mains.

Fin de l’aparté.

Vous devez vous demander ce que vient faire là-dedans mon iconoclaste remarque sur la Sainte Église.

Vous allez voir où je veux en venir.

Avant, comprenez dans la France de Simenon (le belge), le médecin et le pharmacien se retrouvaient avec le notaire chaque dimanche sur leurs prie-Dieu (nm invariable: la religion fit se courber la rigide grammaire, vertigineux, n’est-ce pas?) respectifs, au premier rang. Ils allaient ensuite probablement boire un bon vin chez les uns et les autres, non pas la piquette du bar de l’église, réservée aux éleveurs endimanchés. De quoi parlaient-ils? De l’affaire du trafic des piastres? Probablement. Des mirifiques opportunités offertes aux aventuriers partis pour les colonies? Aussi. De la Louise avec sa vilaine toux et sa perte de poids bien inquiétante? Aussi, très probablement.

Bref, bien avant les portables, les réseaux sociaux, les e-mails, la e-santé, What’s-App… Les médecins et les pharmaciens communiquaient apparemment bien mieux pour le bien de leurs patients.

D’où mon idée.

L’ARS et la caisse devraient verser une petite obole aux professionnels de santé qui iraient de nouveau à la messe chaque dimanche (avec une prime de dimanche, bien entendu). On pourrait appeler ça le DTC (Dossier Transversal du Culte). J’ai choisi le terme « dossier » pour l’acronyme, mais les référentiels ARS n’exigeraient même pas de dossier commun (on élimine là une énorme source de difficulté), mais simplement de causer ensemble de patients après la communion, autour d’un verre.

On veut bien se parler, mais faire un dossier pour obtenir une autorisation et un hypothétique financement de l’ARS est long, complexe, et en plus l’ARS n’a plus d’argent, c’est ballot.

C’est même tellement compliqué qu’on doit faire appel à des sociétés de conseils afin de bien ficeler le dossier pour le machin, pour pouvoir à nouveau communiquer.

Considérant ce triste état de fait, mon idée de DTC doit vous sembler moins délirante, non?

Et, me direz-vous, quid des athées (dont je fais partie), des agnostiques, des non-catholiques romains?

C’est en effet un point délicat. On peut faire comme au bon vieux temps, nier l’existence tout ce qui n’est pas qualifié de « normal/traditionnel… »? Ça revient pas mal à la mode… On peut aussi être pragmatique et mettre en place des offices œcuméniques, et se dire que ne pas croire ou croire différemment ne doit pas être un obstacle à l’amélioration de la prise en charge du patient.

Renouer un dialogue de confiance entre médecins et pharmaciens, cela vaut bien une messe, non?

Après la table ronde, sorte de petite messe où le micro remplace le goupillon, nous sommes allés déjeuner, entre pharmaciens et médecins, et ce fut à la fois délicieux et instructif, alors même que nous n’avions aucun patient en commun.

repaspharma

Nous avons fini de retrouver intégralement notre fierté de professionnels de santé lor

sque nous avons payé l’addition avec notre propre argent, pas celui de l’ARS ou de la caisse (INCROYABLE).

Bon, je fais le beau, comme on le dit à Marseille, mais 8 jours après ces fructueuses rencontres, je n’ai toujours pas glissé le doigt sur mon iPhone pour appeler mes pharmaciens et leur proposer de déjeuner ensemble…

Je suis une blatte fainéante.


(Cela va sans dire, mais c’est mieux en le disant, je n’ai aucun regret d’un passé que je n’ai pas connu, hormis en lisant Simenon et encore moins de notre héritage religieux, que je laisse à qui le souhaite.)

Matrice de corrélation, et R

Plus j’avance dans R, plus je trouve cet outil fabuleux.

En mai-juin dernier, une élève kiné vint me voir pour que je lui fasse des stats avec des petits p pour son mémoire final (je trouve ça parfaitement débile, mais c’est un autre débat).

Je n’avais pas touché un logiciel de statistiques (piraté, d’ailleurs) depuis ma thèse, et encore, j’avais mis à contribution fait faire tout le boulot à un interne du DIM de mon CHU.

Autrement dit, je partais de très très loin.

Je suis allé cherché le meilleur test adapté à ses données, puis je suis tombé sur un os, n’ayant plus de logiciel à disposition. Finalement, je m’en suis sorti avec je ne sais plus quel site qui proposait des feuilles Excel® permettant de faire le test voulu.

Je ne sais pas si le test était bon, en tout cas, le jury de distingués kinés, qui doit être aussi calé en statistiques que moi (huhuhuhuhuhu…), n’a pas élevé de protestations devant mon Wilcoxon.

Influencés par le Scrabble®, avec un W et un X dans un nom propre, ils ont dû être impressionnés, tout comme moi je le fus. La prochaine fois, je leur sortirai un test de Wald–Wolfowitz.

Au cours de mes recherches, j’ai découvert R, logiciel gratuit, communautaire, surpuissant et totalement imbitable.

Après un ou deux MOOC, le survol de dizaines de ressources disponibles sur la toile, et une rencontre, j’ai commencé à utiliser R, presque avec plaisir.

Je triche quand même un peu car, toujours à la suite de discussions sur Twitter, un pharma (@PotardDechaine ou @PierrikFaure ?) m’a fait découvrir RStudio, une interface qui rend R un peu moins aride.

Les choses simples sont difficiles sur R (ne serait-ce que pour visualiser ses données…), et les choses complexes sont très simples à faire. Pour corser le tout, certaines opérations ne sont possibles qu’après avoir téléchargé et installé des packages.

Bref, R se mérite, mais on peut faire des choses sympas.

Petit exemple.

Imaginez 65 individus chez lesquels ont été mesurées 7 variables quantitatives continues. Vous souhaitez savoir si certaines de ces variables sont corrélées entre elles.

Mon fichier texte (R ne lit que les fichiers textes, qui sont simples à obtenir à partir d’un fichier Excel®) s’appelle JMV.

Une seule ligne de commande, cor(JMV), permet de sortir une matrice de corrélation:

matcor8On ne peut pas faire beaucoup plus simple, non?

Par exemple, le coefficient de corrélation entre Var1 et Var2 est de 0.84 et des poussières.

On peut imaginer qu’un graphique sera plus parlant:

matcorr9Quelques lignes de code permettent d’obtenir un tel graphique:

>base <- JMV

>base.r <- abs(cor(base))

>cpairs(base, gap = .5)

Elles ne s’inventent pas, mais je n’ai pas eu trop de difficultés pour les trouver.

C’est joli, mais presque plutôt moins informatif que la matrice de corrélation, car on n’arrive toujours pas à discerner quelles sont les variables qui sont bien corrélées entre elles, et surtout si on pourrait en grouper certaines.

Point curieux, comme me l’a fait remarquer @Potarddechaine, s’agissant de coefficients de corrélation, ils devraient être compris entre -1 et +1, or l’échelle montre de toutes autres valeurs (67, 68, 69, 70…). Quelles sont-elles? Quels sont leurs réseaux?

Une autre série de lignes de code permet de classer ces corrélations et de les colorier en fonction de leur intensité (rouge si coefficient de corrélation>+/-0.5, bleu entre +/-0.5 et +/-0.18, blanc en dessous:

corrmtx3On commence à pouvoir grouper certaines variables en fonction de leurs corrélations (par exemple Var1, Var5 et Var2). Je vous avais déjà montré ce type de graphique qui m’avait beaucoup impressionné. Mais ça, c’était avant.

Aujourd’hui, j’ai découvert le package corrplot.

Et là, R devient sublime.

Voici quelques graphiques que j’ai tiré sans trop de difficultés de ma série de données:

corrmtx4corrplot1Par exemple, pour obtenir le graphique ci-dessus, le code à entrer dans R est « tout simplement »:

>corrplot(JMV_corr, method = « number »)

corrplot3

On peut ainsi regrouper les coefficients de corrélation (-1 à +1 😉 ), les illustrer de différents manières, même coupler les graphiques avec un test statistique, bref, rendre intelligibles des données en les rendant belles.

Un MOOC francophone: Virchow-Villerme/Fondamentaux en statistique

Je me suis inscrit au MOOC « Fondamentaux en statistique » de la plateforme FUN par curiosité, et je trouve l’expérience plutôt sympa. Les MOOC francophones se développent, j’avais déjà parlé de celui de la Lorraine University ici.

L’enseignant principal se nomme Avner Bar-Hen, et j’ai eu la très heureuse surprise d’échanger quelques tweets avec lui hier. Pour connaître la démarche ayant conduit à l’organisation de ce MOOC, je vous suggère ce lien.

La plateforme utilisée est une adaptation de celle de EdX, donc pas de mauvaise surprise. Certains devoirs doivent être déposés sur une plateforme externe, mais là-aussi, pas de souci particulier.

Les vidéos de cette première semaine sont claires nettes et précises.

J’ai été très surpris par le format très court des vidéos (autour de 8 minutes), alors que jusqu’à présent mes précédents MOOC m’avaient plutôt habitué à une durée de 15-30 minutes. Difficile de tirer une conclusion au bout de 6 vidéos, mais ce format ultra-court est pas mal et correspond bien à mon emploi du temps un peu trépidant.

Les quiz sont sympa, et l’exercice d’application m’a fait remettre le nez dans la syntaxe de R, que j’avais presque totalement oubliée après 2-3 semaines de non-utilisation.

Par contre, ce R, quel plaisir de sortir un graphique en boxplot avec une seule ligne de commande: boxplot().

Sur Excel, et bien, c’est tout simplement imbitable… L’exercice d’application m’a aussi fait découvrir la commande quantile().

Comme pour les MOOC que j’ai pu faire précédemment, il faut ne pas se laisser abuser par le « pas/peu de pré-requis ». ll faut avoir l’esprit curieux et savoir ouvrir un autre onglet pour aller chercher son bonheur sur Google. Différents fora de discussion et un wiki permettent et permettront à l’étudiant inscrit de se retrouver un peu si il est perdu.

Sinon, mon opinion des MOOC n’a pas tellement changé.

Les MOOC suivent clairement une courbe de type Technology Hype de Gartner.

Cette démarche est intéressante pour l’esprit curieux qui n’a pas besoin de diplôme, pour le reste (et l’avenir), Wait and See….

Pour conclure, j’aime beaucoup cette phrase de Avner Bar-Hen:

Les MOOCs : c’est une nouvelle ruée vers l’or, on se souviendra plus de la ruée que de l’or.

Ça, c’est chez nous…

Néanmoins, je ne suis pas certain que quelques universités américaines ne fassent pas quand même quelques dollars en vendant à plusieurs milliers d’étudiants avides de « diplômes » US des certificats « vérifiés ».

La preuve, le compte Instagram d’un statisticien américain de l’école bayésienne qui organise des MOOC, d’un cardiologue interventionnel du sud de la France, d’un baron de la drogue mexicain.

Un merveilleux exemple de Narcocorrido.

Mouhahahahahahahaha!